研究组长

　　2000年 - 2003年 在中国科学院武汉病毒所和沈阳应用生态所联合培养攻读博士学位，主要从事结核分枝杆菌耐药检测生物芯片研究。

　　2003年                在日本KINKI大学进行博士后研究，主要从事蛋白质组学研究工作。

　　2004年 - 至今     在中国科学院生物物理研究所主要从事结核病系统生物学研究。

　　2011年                在爱因斯坦医学院微生物学和免疫学系结核病研究领域著名教授John Chan实验室开展结核分枝杆菌感染及宿主免疫反应相关研究。

　　2017.05 - 2020.05  中华医学会结核病分会结核病基础研究专业委员会主任委员

　　2016.07 - 至今       中国防痨协会结核病转化医学分会主任委员

　　2016.07 - 至今       Journal of Biological Chemistry编委

　　2015.12 - 至今       中国防痨协会结核病基础专业分会常委

　　2011.10 - 2016.10  中国微生物学会分析微生物专业委员委员

　　2011.04  -2015.04  中国防痨协会基础细菌免疫学专业委员会副主任委员副主任委员

　　2009.07 - 2013.06  中国生物物理学会副秘书长

　　主要从事结核病系统生物学与转化医学相关研究，针对结核病检出率底、耐药严重、现有疫苗不理想等问题，第一个采用系统生物学和转化医学的全新视野和创新思维开展研究，取得一系列原始创新成果，在 Nature Genetics，Cell Research，Cell Reports等刊物共发表 SCI 刊物 90余篇，申请专利40余项，并建立创新团队和研发基地，加速成果转化，其主要工作和进展：

　　1. 开展结核杆菌基因组与转录组学研究：收集中国12个省不同耐药型结核杆菌231株（临床分离株）进行规模化全基因组和转录组测序及数据分析，系统发现72个新的耐药相关基因和28个非编码区，鉴定了一批新的耐药标识物和新的药物靶标，为建立新型结核病耐药检测方法和药物研发提供重要依据（Nature Genetics，2013）。

　　2. 成功制备结核杆菌全蛋白组芯片：构建结核杆菌蛋白质表达库（包含4262个蛋白，覆盖率95%），制备了国际上首张基于纯化蛋白质的结核杆菌全蛋白质组芯片，该成果已在美国、英国和我国等多个国家使用。为结核病新型诊断试剂、疫苗和药物研发提供关键方法学基础。

　　3. 完成结核杆菌多个药物靶标的结构与功能研究，为药物设计和筛选提供依据：完成了结核杆菌喹诺酮类药物靶标的结构与功能系列研究（Nucleic Acids Research，2006，2009，2011，2013）；解析了新型药物靶标转肽酶和药物复合物的晶体结构，并设计和筛选了新的药物前体分子（Cell Research, 2013）。

　　4. 建立结核病系统生物医学资源和信息库：包含有结核病患者（血清、细胞和治疗信息）和病原实际样本和信息资料以及大量的组学数据。该库不仅包括数据信息而且包括实物库，拥有更多的信息量和更好的数据展示和分析功能。

　　5. 创建了中科院生物物理所佛山分所：组建研发团队200余人，建立试剂、仪器装备等多条生产线。

　　1. Gu S, Li W, Zhang H, Fleming J, Yang W, Wang S, Wei W, Zhou J, Zhu G, Deng J, Hou J, Zhou Y, Lin S, Zhang XE, Bi L*. The β2 clamp in the Mycobacterium tuberculosis DNA polymerase III αβ2ε replicase promotes polymerization and reduces exonuclease activity. Sci Rep. 2016 Jan 29;6:18418. PubMed PMID: 26822057; PubMed Central PMCID: PMC4731781. 

　　2. Zheng P, Xiong Q, Wu Y, Chen Y, Chen Z, Fleming J, Gao D, Bi L*, Ge F.Quantitative Proteomics Analysis Reveals Novel Insights into Mechanisms of Action of Long Noncoding RNA Hox Transcript Antisense Intergenic RNA (HOTAIR) in HeLa Cells. Mol Cell Proteomics, 2015, 14:1447-63.

　　3. Zhang XL, Li DF, Fleming J, Wang LW, Zhou Y, Wang DC, Zhang XE, Bi LJ*. Core component EccB1 of the Mycobacterium tuberculosis type VII secretion system is a periplasmic ATPase. FASEB J. 2015 Dec;29(12):4804-14. PubMed PMID: 26396239.

　　4. Deng J, Bi L, Zhou L, Guo SJ, Fleming J, Jiang HW, Zhou Y, Gu J, Zhong Q, Wang ZX, Liu Z, Deng RP, Gao J, Chen T, Li W, Wang JF, Wang X, Li H, Ge F, Zhu G, Zhang HN, Gu J, Wu FL, Zhang Z, Wang D, Hang H, Li Y, Cheng L, He X, Tao SC, Zhang XE. Mycobacterium tuberculosis proteome microarray for global studies of protein function and immunogenicity. Cell Rep, 2014, 9:2317-29. 

　　5. Zhang H, Li D, Zhao L, Fleming J, Lin N, Wang T, Liu Z, Li C, Galwey N, Deng J, Zhou Y, Zhu Y, Gao Y, Wang T, Wang S, Huang Y, Wang M, Zhong Q, Zhou L, Chen T, Zhou J, Yang R, Zhu G, Hang H, Zhang J, Li F, Wan K, Wang J, Zhang XE & Bi L*. Genome sequencing of 161 Mycobacterium tuberculosis isolates from China identifies genes and intergenic regions associated with drug resistance. Nature Genetics, 2013, 45: 1255-60.

　　6. Li W, Li D, Hu Y, Zhang XE, Bi L*, Wang D. Crystal structure of L, D-transpeptidase LdtMt2 in complex with meropenem reveals the mechanism of carbapenem against Mycobacterium tuberculosis. Cell Res. 2013, 23: 728-31.

　　7. Wang T, Sun H, Cheng F, Zhang XE, Bi L*, Jiang T. Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease. Nucleic Acids Research, 2013, 41: 7556-65.

　　8. Tao J, Han J, Wu H, Hu X, Deng J, Fleming J, Maxwell A, Bi L*, Mi K. Mycobacterium fluoroquinolone resistance protein B, a novel small GTPase, is involved in the regulation of DNA gyrase and drug resistance. Nucleic Acids Res. 2013 41: 2370-81.

　　9. Wu J, Zhang Z, Mitchenall LA, Maxwell A, Deng J, Zhang H, Zhou Y, Chen YY, Wang DC, Zhang XE, Bi L*. The dimer state of GyrB is an active form: implications for the initial complex assembly and processive strand passage. Nucleic Acid Res. 2011, 39: 8488-502.

　　10. Fu G, Wu J, Liu W, Zhu D, Hu Y, Deng J, Zhang XE, Bi L*, Wang DC.Crystal structure of DNA gyrase B' domain from Mycobacterium tuberculosis sheds lights on the mechanism for T-segment navigation. Nucleic Acids Res. 2009, 37: 5908-5916.

（资料来源：毕利军研究员，2018-02-06）